מזה 5 שנים משולבת פעילות מתנ"ס "ארנון" ומחלקת החינוך של המועצה האזורית בבניין משותף ובצוות משולב. פעילות זו יצרה הזדמנות לפעול לשילוב המערכות תוך בניית מדיניות משותפת, הגדרת יעדים משותפים, הקמת צוותי עבודה אינטגרטיביים ופיתוח תוכניות עבודה כוללניות תוך התייעלות ואיגום משאבים. מתנ"ס "ארנון" הוא המסגרת האזורית לפעילות חינוכית, בראיה קהילתית (חינוך, חינוך בלתי פורמלי, תרבות ותעסוקה). פעילות המתנ"ס התחזקה בשנים האחרונות על רקע השינויים המבניים המתחוללים בתנועה הקיבוצית בכלל, ובשער הנגב בפרט, אשר מעבירים יותר ויותר מחוייבויות מהקהילה הבודדת לקהילה האזורית. עד לאחרונה פעלו גופי חינוך במועצה, מוסדות החינוך הפורמלי לצד לחוגי העשרה, כל גוף במסלול עצמאי משלו. בימים אלה פועלים צוותים משותפים לגיבוש ויישום תוכנית חינוכית חדשה וליצירת מודל אשר ייצור שילוב אמיתי בין החינוך הפורמלי לבין החינוך הבלתי פורמלי, ביישובים ובאזור.

פעילותה הסטאטוטורית של מחלקת החינוך הקלאסית משולבת בעבודתן של מחלקות המתנ"ס השונות. (לדוגמה: "סל תרבות" לבתי הספר והגנים נעשה ע"י מח' התרבות, מחלקת הגיל הרך עוסקת בקשר עם הפיקוח של משרד החינוך ומשרד העבודה וכד').